Dňa 30. júna 2008 Ministerstvo zdravotníctva SR predložilo Európskej komisii na schválenie prvú výročnú správu o implementácii Operačného programu Zdravotníctvo za obdobie január – december 2007. Európska komisia zaslala k výročnej správe pripomienky v auguste 2008.
Dňa 21.10.2008 Ministerstvo zdravotníctva SR opätovne zaslalo Európskej komisii upravenú výročnú správu. Európska komisia vyjadrila súhlas so zapracovanými pripomienkami a výročnú správu o implementácii OPZ za rok 2007 dňa 3.11.2008 schválila.