Dňa 7. novembra 2009 vošla do platnosti aktualizácia Systému finančného riadenia štrukturálnych fondov a Kohézneho fondu na programové obdobie 2007 - 2013, verzia 5.0.
Zmeny v Systéme finančného riadenia štrukturálnych fondov a Kohézneho fondu na programové obdobie 2007 – 2013 sa týkajú najmä zohľadnenia zmien vyplývajúcich z upravenej legislatívy ES, legislatívy SR, usmernení EK a aktualizovanej verzie Systému riadenia štrukturálnych fondov a Kohézneho fondu na programové obdobie 2007 – 2013.
Detailnejšie sú zmeny definované na webovej stránke Ministerstva financií SR: http://www.mfsr.sk/Default.aspx?CatID=7416 .