Dňa 30.4.2009 vydalo Ministerstvo financií SR aktualizovanú verziu Systému finančného riadenia štrukturálnych fondov a Kohézneho fondu na programové obdobie 2007 - 2013.
Zmeny vyplývajúce zo schválnej alternatívy 1 Analýzy možností úprav Systému finančného riadenia štrukturálnych fondov a Kohézneho fondu na programové obdobie 2007 - 2013, ktorá tvorí prílohu č. 16 výzvy OPZ 2009/1.1/01, boli zahrnuté v aktualizácii Systému finančného riadenia štrukturálnych fondov a Kohézneho fondu na programové obdobie 2007 - 2013 verzia 4.1, ktorá je platná od 30.4.2009. Príloha č. 16 výzvy OPZ 2009/1.1/01 už nie je aktuálna.
Zmeny v Systéme finančného riadenia ŠF a KF na obdobie 2007 - 2013, verzia 4.1 sú definované na webovej stránke MF SR: http://www.finance.gov.sk/Default.aspx?CatID=7256.
Rovnako možno na tejto stránke stiahnuť prílohy k uvedenému systému.